O Japão tem nove ecorregiões florestais que refletem o clima e a geografia das ilhas. Elas vão de florestas subtropicais nas ilhas Ryūkyū e Ogasawara, a florestas decíduas temperadas em regiões de clima ameno das principais ilhas, florestas temperadas de coníferas nas porções frias das ilhas do norte.

Flora

Em sua flora, o país possui cerca de 6 000 espécies nativas de plantas, cuja variedade é devida ao calor, à abundância das precipitações, à humidade dos verões e ao relevo. Ao longo do território vê-se figuier banian, suji e hinoki, bem como plantas comuns em outras partes do mundo, como as magnólias.Algumas ainda possuem significados simbólicos, como as flores de cerejeira, chamadas sakuras, que representam a beleza efêmera. De suas plantas ainda saem os trabalhos com arranjos, pinturas, tecelagem e cerâmicas, além de remédios.Algumas ainda possuem significados simbólicos, como as flores de cerejeira, chamadas sakuras, que representam a beleza efêmera. De suas plantas ainda saem os trabalhos com arranjos, pinturas, tecelagem e cerâmicas, além de remédios.

Fauna

Já em sua fauna é possível ver espécies não encontradas em nenhuma outra parte do globo, como certas variedades defaisões, tubarões e salamandras. Ainda assim, o território japonês possui apenas 118 espécies de mamíferos terrestres selvagens.As regiões montanhosas do Japão, com florestas densas, albergam populações relativamente numerosas de mamíferos, dentre eles javalis, tanukis,raposas, veados, antílopes, lebres e doninhas. Répteis presentes incluem tartarugas marinhas, cágados, serpentes aquáticas e lagartos. Há uma grande variedade de sapos, rãs e tritões, onde se destaca a Salamandra-gigante-do-japão que atinge os 4 m de comprimento, e é endêmica do arquipélago. Cerca de 600 espécies de aves são residentes ou migratórias e diversidade de insetos é típica de regiões com clima temperado úmido. Entre as espécies ameaças que habitam o território japonês estão o urso-negro-asiático, classificado como de fato ameaçado de extinção e o macaco-japonês, em estado ainda pouco preocupante. O lobo-cinzento, apesar de pouco preocupante ao redor do mundo, está quase extinto do território japonês.ambém consideradas espécies sob ameaça, as variedades de baleia são caçadas pelos japoneses sob cotas estipuladas na moratória de 1986. Ao lado deNoruega e Islândia, o Japão é o país que mais caça estes animais devido a alta lucratividade. No país oriental, a carne da baleia é ainda uma especialidade culinária comum e sua cartilagem serve à indústria de cosméticos. Sob a alegação de pesquisa científica, o Japão caça, anualmente, uma média de 1 000 baleias, variando em espécies. Em 2008, por exemplo, caçaram baleias-comuns e baleias-minke-antárticas. Neste mesmo ano, dois ativistas do Greenpeace foram presos por denunciarem contrabando ilegal de carne de baleia e ocorreu um atrito entre os governos japonês e australiano, que culminaram em acusações de pesca ilegal e fraude de evidências.Dois anos antes, em pesquisa realizada nacionalmente, foi constatado que 69% da população é contra este tipo de caça. Em 2010, ocorreu o encontro da Comissão Internacional da Baleia, no qual tentou-se derrubar a moratória e acusando o Japão de subornar países menores que votassem a seu favor.