Mais tarde a capital seria novamente transferida para Heian-kio, a moderna Quioto, e dar-se-ia o rompimento entre o imperador Kammu e os monges budistas. A partir daí foi estabelecida a escrita japonesa e uma nova literatura. Foi nesse período de paz que surgiram a classe dos samurais como guardas da corte.Contudo as disputas surgidas entre os clãs guerreiros Taira no Kiyomori e Minamoto no Yoritomo levaram a uma nova guerra civil que só teve fim em 1185, com a ascensão de Minamoto. Este estabeleceria o governo do xogunato em Kamakura. Enquanto seguia as leis do governo Heian, o governo Kamakura foi executado por uma rede de samurais em todo o país que se comprometiam a manter a paz. Desde que o poder real era exercido localmente, os samurais foram capazes de assumir a terra dos ricos proprietários de terra aristocráticos e, portanto, levaram o governo Heian em Quioto a tornar-se ainda mais fraco. Um novo período de paz e enriquecimento cultural e material foi estabelecido até uma nova tentativa mal sucedida de restauração da autoridade imperial feita pelo Imperador Go-Daigo.O surgimento dos daimyo de base local, enfraqueceu o xogunato e esse enfraquecimento levou a Guerra de Ōninentre 1467 e 1477 entre os Kosokawa e os Yamana que deu fim ao xogunato. Sem uma autoridade central, os daimyos, agora com autoridade absoluta em seus domínios, deram início a um período de guerras que só terminaria entre 1550 e 1560 com a conquista dos demais domínios por Oda Nobunaga.Foi durante o século XVI que comerciantes e missionários portugueses chegaram ao Japão pela primeira vez, dando início a um intenso período de trocas culturais e comerciais. No Japão, os portugueses praticaram o comércio e a evangelização. Os missionários, principalmente os sacerdotes da Companhia de Jesus, levaram a cabo um intenso trabalho de missão e em cerca de 100 anos de presença portuguesa no Japão, em 1582 a comunidade cristã no país chegou a ascender a cerca de 150 mil cristãos no Japão e 200 igrejas.Toyotomi Hideyoshi deu continuidade ao governo de Nobunaga e unificou o país em 1590. Depois da morte de Hideyoshi, o regente Tokugawa Ieyasuaproveitou-se de sua posição para ganhar apoio político e militar. Quando a oposição deu início a uma guerra, ele a venceu em 1603 na Batalha de Sekigahara. Tokugawa fundou um novo xogunato com capital em Edo e expulsou os portugueses e restantes estrangeiros, dando início à perseguição doscatólicos no país, tidos como subversivos, com uma política conhecida como sakoku. A perseguição aos cristãos japoneses fez parte desta política, levando esta comunidade à conversão forçada ou mesmo à morte, como é o caso dos 26 Mártires do Japão.